地震发生后，青海省立即启动了震区基本防疫控制。18日，在解放军防疫部门、北京120急救队配合下，青海省和玉树州疾控部门在玉树震区开展了大规模消杀。根据目前的监测结果，震区饮用水源基本符合饮用要求，但必须烧开后才能饮用。
18日，北京120急救队派出多辆急救车，搭载青海省、玉树州和解放军疾控部门的专家分路进行消杀工作。青海省疾控中心工作人员表示，玉树州属于畜牧业地区，牧区鼠活动频繁，地震后更要加强鼠情监测和鼠疫监控。此外，杀菌、肠道和呼吸道传染病监测和防控、饮用水监测都已纳入疾控部门工作日程。
“我们今天要去一所小学进行消杀，主要对人群集中地区进行喷药。”玉树州疾控中心工作人员背着一个油动力喷雾器上了急救车，喷雾器内装有1000PPM的含氯消毒剂。“这种消毒剂灭菌效果好，对环境无污染。”这位工作人员表示，目前重点地区没有发现疫情。
在结古镇中心区，玉树州疾控中心负责水源安全监测的工作人员告诉记者，他们每天都对体育场至赛马场的各种机井、井窖水源进行采样检测。目前，结古镇中心区饮用水源都基本符合标准，但鉴于目前的情况，建议所有在地震灾区的人将水烧开后再饮用。
青海省和玉树州疾控部门18日还派出车辆和人员，前往牧区山地进行鼠情监控。“我们主要是上山数洞，如果鼠洞多，说明鼠活动频繁，就需要采取措施灭鼠。”疾控人员说，地震后很多房屋倒塌，废墟中有很多可食用物品，鼠活动可能将加强。
